La validità sistematica di questo ordine,meglio definito e istituito nel 1966, è tuttora oggetto di discussione da parte degli ittiologi. Nel passato gli Ateriniformi erano considerati parte dei Perciformi ed attribuiti al sottordine dei Mugiloidei, mentre attualmente vengono considerati un ordine a se stante per l'evidenza di alcuni caratteri di primitività. Non è ancora ben definita anche l'attribuzione all'ordine dei diversi taxa, come nel caso del sottordine Exocetoidea che alcuni autori attribuiscono a questo ordine, mentre altri lo considerano parte dei Ciprinodontiformes. 

Nelle specie di questo ordine generalmente sono presenti due pinne dorsali, con la prima meno sviluppata e sostenuta da sottili raggi spiniformi flessibili. Il primo raggio della pinna anale e generalmente rigido. La linea laterale non è evidente o appena accennata. Lo scheletro del cranio è dotato di parietali. Possono essere contati da cinque a sette raggi branchiostegi. L'ordine è ulteriormente suddiviso nei sottordini degli Atherinoidea, composto da tre famiglie, e dei Phallostehoidea che consta di altre due famiglie. Delle duecento specie che compongono il primo sottordine, soltanto quattro, di cui una introdotta, fanno parte dell'ittiofauna europea